DNA和蛋白质序列数据分析工具-(第三版)

本书特色

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近年来新一代测序技术的研发和应用，极大地推动了基因组科学的发展，也给基因组数据分析带来巨大的新挑战。第三版对前两版原有内容做了大量更新和补充，《dna和蛋白质序列数据分析工具（第三版）》17章，分别从基因组学、蛋白质组学、系统生物学三个层次详细介绍了常用的基因数据库和网络工具；为适应windows7的环境，将bioperl程序包的数据分析做了重排使其更易操作。尤其是增添了新一代测序数据分析实例，包括snvs和indel识别、小rna-seq分析、枯草杆菌全基因组序列拼接；并对bowtie等读序列定位工具和ucsc浏览器的使用做介绍。
《dna和蛋白质序列数据分析工具（第三版）》内容深入浅出、图文并茂。书中提及的各种方法均有充实的例证并附上相关数据和图表，供读者理解和参考；书后还附有中英文的专业术语和词汇。可作为对基因组学、蛋白质组学、生物信息学感兴趣的本科生、研究生和研究人员学习、研究的重要工具手册。

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内容简介

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薛庆中等编著的《dna和蛋白质序列数据分析工具(第3版)》分8章。第1章阐述序列比较的核心方法，即运用blast和clustalx等工具做序列比对。第2章重点介绍了核苷酸序列分析工具，主要包括：基因预测、编码区结构分析、可变剪切分析、预测基因启动子等。第3章蛋白质氨基酸序列分析从搜索数据库开始，随后对蛋白质基本理化性质、二级结构、结构域和三维空间结构、预测目标蛋白的生物功能等工具进行逐一介绍。第4章使用tm4软件可实现芯片的数据采集，低质量过滤，标准化处理。第5章简介geneontology和kegg数据库，将分别有助于挖掘基因和蛋白的功能及其代谢途径分析。第6章介绍分子进化遗传分析工具包，用mega4绘制系统发生树，为研究基因进化打好基础。第7章利用x！tandem软件鉴定蛋白质的串联质谱数据，再将质谱结果匹配到蛋白质组数据库鉴定出蛋白，并借助tpp软件包进行统计学分析，优化检索结果。第8章介绍cytoscape系统生物学分析软件，展示蛋白－蛋白相互作用，并实现与基因表达等数据有机整合。书后附有专业词索引。

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目录

第三版前言第二版前言**版前言第1章 序列比对工具blast和clustalx1.1 blast搜索程序1.2 本地运行blast(windows系统)1.3 多序列比对(clustalx)参考文献第2章 真核生物基因结构的预测2.1 基因可读框的识别2.2 cpg岛、转录终止信号和启动子区域的预测2.3 基因密码子偏好性计算:codonw的使用2.4 采用mrna序列预测基因:spidey的使用2.5 astd数据库简介参考文献第3章 电子克隆3.1 种子序列的搜索3.2 序列拼接3.3 在水稻数据库中的电子延伸3.4 电子克隆有关事项的讨论参考文献第4章 分子进化遗传分析工具(mega5)4.1 序列数据的获取和比对4.2 进化距离的估计4.3 分子钟假说的检验4.4 系统进化树构建参考文献第5章 蛋白质结构与功能预测5.1 蛋白质信息数据库5.2 蛋白质一级结构分析5.3 蛋白质二级结构预测5.4 蛋白质家族和结构域5.5 蛋白质三级结构预测5.6 蛋白质结构可视化工具参考文献第6章 序列模体的识别和解析6.1 meme程序包6.2 通过meme识别dna或蛋白质序列中模体6.3 通过mast搜索序列中的已知模体6.4 通过glam2识别有空位的模体6.5 通过glam2scan搜索序列中的已知模体6.6 应用tomtom与数据库中的已知模体进行比对6.7 应用gomo鉴定模体的功能6.8 应用mcast搜索基因表达调控模块6.9 应用meme-chip发现dna序列模体6.10 应用spamo推测转录因子的结合位点6.11 应用dreme发现短的正则表达模体6.12 应用fimo寻找数据库已知的模体6.13 应用centimo寻找主要的富集模体参考文献第7章 蛋白质谱数据分析7.1 生物质谱技术的基本原理7.2 x!tandem软件7.3 mascot软件7.4 sequest软件7.5 蛋白质组学数据统计分析tpp软件参考文献第8章 基因芯片数据处理和分析8.1 芯片数据的获取和处理8.2 芯片数据聚类分析和差异表达基因筛选8.3 genmapp芯片数据的可视化8.4 通过geo检索和提交芯片数据8.5 应用david工具对芯片数据功能注释和分类参考文献第9章 go基因本体和kegg代谢途径分析9.1 gene ontology数据库9.2 kegg数据库参考文献第10章 系统生物学网络结构分析10.1 cytoscape软件简介10.2 cytoscape软件安装10.3 cytoscape基本操作10.4 应用bingo插件进行基因注释10.5 应用bioquali插件进行基因表达分析10.6 应用agilent literature search插件进行文献搜索10.7 链接bond数据库做网络分析10.8 应用插件cytoprophet预测潜在蛋白和结构域的相互作用参考文献第11章 bioperl模块数据分析及其安装11.1 概述11.2 bioperl重要模块简介和脚本实例11.3 bioperl安装参考文献第12章 读序列(reads)定位软件bowtie12.1 bowtie特性12.2 burrows-wheeler(bw)转换程序12.3 不要求精确的比对搜索12.4 回溯过量表达12.5 阶段搜索12.6 bowtie的输出格式参考文献第13章 ucsc基因组浏览器13.1 基因分类器(gene sorter)工具13.2 基因组浏览器(genome browser)13.3 蛋白质组浏览器(proteome browser)13.4 表浏览器(table browser)参考文献第14章 snvs和indel识别分析方法及工具14.1 bowtie工具14.2 samtools软件包14.3 识别单核苷酸多态性(snp)14.4 寻找同义突变和非同义突变14.5 发现读框内插入缺失(in-frame indel)14.6 发现其他类型的突变参考文献第15章 小rna高通量测序数据分析15.1 数据分析流程15.2 rfam数据库15.3 mirbase数据库15.4 应用mfold预测rna二级结构15.5 应用miralign搜索mirna15.6 应用targetscan预测mirna的靶基因参考文献第16章 rna测序(rna-seq)分析16.1 tophat的分析流程16.2 转录组读序列比对16.3 获得基因表达谱及转录物表达谱16.4 差异表达基因鉴定及注释16.5 snps/snvs及indels鉴定与注释16.6 选择性剪切(alternative splicing)鉴定16.7 tophat应用实例参考文献第17章 全基因组序列拼接的流程和方法17.1 实例数据的获取17.2 短读序列数据作图到参考基因组17.3 将短读序列数据从头拼接成染色体骨架17.4 大规模染色体骨架拼接17.5 草图和实验物理图谱间的比较参考文献英汉对照词汇英文索引中文索引彩图

封面

书名:DNA和蛋白质序列数据分析工具-(第三版)

作者:薛庆中

页数:356

定价:¥128.0

出版社:科学出版社

出版日期:2012-06-01

ISBN:9787030345097

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