人类复杂疾病遗传学实验指南

本书特色

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《人类复杂疾病遗传学实验指南》的主要内容来自冷泉港实验室举办的人类复杂疾病遗传学课程，内容汇集了当前国际上遗传学工作者寻找致病基因的*新研究方法和这些方法背后的遗传学概念与统计学理论。既有后基因组时代以gwas等为代表的热点研究领域的新方法，同时又以发展的观点介绍了连锁分析等经典的研究手段。具体内容包括基本遗传学与孟德尔遗传、统计方法、遗传流行病学、连锁研究、传递不平衡检验分析、变量成分分析、全基因组关联研究、拷贝数变异、高通量基因分型技术、rna编辑复杂性，以及遗传学计算机程序。

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内容简介

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《人类复杂疾病遗传学实验指南》适合生物、医学等相关专业院校的师生阅读参考。

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目录

“目录译者序前言1绪言11.1为什么遗传学重要11.2现代遗传学简明史11.2.1紧跟遗传学思想11.2.2孟德尔、达尔文以及遗传的波粒辩论21.2.3分子生物学的中心法则21.2.4dna和遗传密码21.2.5基因组学时代的来临21.2.6后基因组时代31.3复杂疾病研究如何融入遗传学31.4*后感想3参考文献42“统计学101”——人类复杂疾病遗传学的初级指南5引言52.1数集理论基础52.2遗传学分析中的概率理论62.2.1条件概率62.2.2独立性62.3遗传学分析中的变量、参数和分布72.3.1离散均匀分布82.3.2正态分布82.3.3卡方分布92.3.4二项分布92.4*大似然估计102.5假设检验为结果提供置信水平112.5.1p值112.5.2似然比、似然比检验统计量，以及优势对数计分法122.5.3效能132.6总结14参考文献143分离性状的连锁分析16引言163.1连锁163.2疾病表型的连锁分析193.3多位点连锁分析213.4遗传模式判断错误的后果？223.5血缘同一性的非参数连锁分析233.6lod值的意义243.7复杂疾病连锁分析中的遗传异质性243.8连锁分析在全基因组关联研究时代的价值25参考文献26互联网信息274复杂疾病遗传中的流行病学因素28引言284.1关联研究的实施284.1.1管理284.1.2设计选择294.1.3标记选择294.1.4样本选择304.1.5样本大小314.1.6随机误差314.1.7偏倚314.1.8暴露的变化324.1.9质控324.2关联研究的解释324.2.1理解因果324.2.2因果关系，修饰效应，混杂334.3大规模数据库344.4整合的“取代的”研究364.5结语36参考文献37互联网信息385复杂表型的方差组分分析方法39引言395.1什么是方差组分分析方法？395.2估计遗传率405.3环境共同效应的处理415.4采用测定的环境参数作为协变量425.5协变量选择对方差组分分析的影响425.6使用易感性阈值模型435.7连锁分析与方差组分的应用445.8对研究选择进行确认的重要性455.9非正态性的处理455.10多重分析与基因多效性465.11数量性状的关联分析475.12在方差组分分析框架下的基因与基因、基因与环境的相互作用475.13鉴定潜在的功能突变体495.14小结与结论50参考文献506遗传关联研究中的多重检验和效能计算52引言526.1多重检验导致ⅰ型错误的发生526.2三种主要的多重检验校正方法536.2.1控制总ⅰ型错误率536.2.2贝叶斯理论（bayesian perspective）546.2.3错误发现率556.3成功有效的研究需要进行计算统计效能596.3.1效能计算举例596.3.2效能与样本量的关系616.3.3间接关联的效能统计626.3.4遗传研究中实际的效能统计626.4致谢63参考文献63互联网信息647遗传关联分析65引言657.1具有显著效应的遗传相关性667.2寻找直接相关性667.2.1病例-对照研究667.2.2病例-对照研究的统计学分析667.2.3统计学分析范例677.2.4数量计量的使用697.3寻找间接相关性707.3.1连锁不平衡法707.3.2多标记及单体型的分析717.3.3与疾病相关的基因间的交互作用717.4应对分析中的问题727.4.1质量控制727.4.2哈-温平衡727.4.3基因型缺失737.4.4群体分层747.5关联研究的缺点和问题747.5.1假阳性结果757.5.2重复实验效能的缺乏757.5.3研究之间的异质性757.5.4研究内的异质性757.6结论76参考文献768全基因组关联研究gwas78引言788.1gwas基于常见疾病-常见变异的假说788.2标签snp（tag snp）与连锁不平衡（ld）是gwas的基础798.2.1标签snp（tag snp）798.2.2连锁不平衡（ld）798.2.3始祖突变与单倍型818.3gwas研究中使用的芯片平台828.4怎样做gwas分析828.4.1数据处理828.4.2质控838.4.3群体分层858.4.4群体分层的校正868.5gwas中的数据分析方法878.6单倍型分析有助于定位功能变异888.6.1鉴定单倍型888.6.2e-m算法888.6.3单倍型模块908.7gwas产生的一些关键结果908.7.1老年性黄斑变性908.7.2wellcome病例对照研究信托基金会(wtccc)908.7.31型糖尿病908.8我的研究结果是阴性的——帮帮我918.9其他的策略也很重要918.9.1拷贝数变异918.9.2少见变异918.10结论92参考文献92互联网信息959连锁不平衡、hapmap及插补介绍96引言969.1一些基本ld统计学知识969.1.1ld统计量d′969.1.2ld统计量r2979.2利用国际单体型计划定位ld区域979.3从标签到填补999.4结论100参考文献100互联网信息10110全基因组关联研究的meta分析102引言10210.1处理基因型数据缺失方面的输入软件10210.1.1数据输入的准确性及质量10310.1.2卡方校正10510.1.3将不确定的数据整合到meta分析中10710.2meta分析准备工作107附录109参考文献111互联网信息11211基因环境相互作用与复杂疾病113引言11311.1在遗传流行病学中基因-环境交互作用意味着什么11411.2常见疾病中存在基因-环境交互作用的证据11511.3从不同角度看基因-环境交互作用11511.3.1遗传角度11711.3.2公共卫生学角度11711.4为什么研究基因-环境交互作用？11711.5研究设计12011.5.1横断面病例对照研究12011.5.2单纯病例研究设计12111.5.3前瞻性队列研究设计12111.6基因-环境交互作用研究中的统计效能和样本量12211.7结果的重复性和meta分析12411.8候选基因与全基因组研究12411.9概括与结论125参考文献126互联网信息128基于家系的遗传学关联分析129引言12912.1为什么要开展基于家系的关联研究？12912.2早期基于家系的关联研究与病例-对照研究13112.3传递不平衡检验是一种连锁分析13212.4传递不平衡检验是一种关联和连锁分析13312.5基于家系的关联分析具有广泛的应用范围13512.5.1用于迟发型疾病的分析13512.5.2用于一般核心家系的关联和连锁分析13512.5.3用单体型进行分析13612.5.4对连续数量性状的关联研究13712.5.5x连锁遗传的关联研究13712.5.6对父母起源和母源效应的研究13812.5.7基因间和基因与环境间相互作用的研究13812.6结语139致谢139参考文献140互联网信息14313拷贝数变异与人类常见疾病144引言14413.1人类基因组中的拷贝数变异14413.2结构变异的形成机制14513.3拷贝数变异对基因表达的影响14613.4cnv的群体特征14613.5人类常见疾病的遗传结构：基于snp-和cnv-的gwas14713.6cnv的研究是怎样改变我们对复杂疾病遗传结构认识的？14813.7cnv检测技术进展及在复杂疾病研究中的应用15013.8结语151参考文献151互联网信息15814肿瘤基因组学159引言15914.1肿瘤的遗传基础15914.2肿瘤中基因组学以及基因改变研究16214.2.1肿瘤中拷贝数变异分析16214.2.2基因组重排的发现16214.2.3肿瘤中的体细胞突变16414.2.4肿瘤中的常见变异16614.2.5肿瘤中的表观遗传改变16714.3肿瘤转录组改变17114.3.1研究转录基因组改变的方法17114.4候选癌基因的优选17214.4.1癌基因筛选17214.4.2癌基因的计算优选17314.5不同类型肿瘤基因组学数据的整合17414.5.1研究方法17414.5.2肿瘤基因组学整合研究计划及资料库17514.6小结177致谢177参考文献177互联网信息18815序列变异影响信使rna前体剪接并导致（复杂）疾病的机制：不局限于遗传密码190引言19015.1剪接的发生过程19115.1.1为定位剪接位点，剪接增强子和沉默子是必需的19315.2剪接失调导致疾病19615.3剪接突变不直接参与剪接位点的构成19915.3.1mcad中sre突变：单倍型的重要性20215.3.2cftr 9号外显子的sre突变和错误剪接20215.3.3smn1/2，剪接和脊髓肌萎缩20315.3.4外显子跳跃和脆弱性20415.4剪接调节蛋白和剪接体成分中的常见遗传变异能导致亚*佳剪接20415.5环境影响剪接20515.6insilico评估工具用于评估剪接效应20715.7结论208参考文献209互联网信息21416高通量基因分型的实验室研究方法215引言21516.1为什么要选用snp？21616.2候选基因有用吗？21716.3连锁区域可以通过高通量snp基因分型进行精确定位21916.4gwas及其相关基因分型22016.5snp数据需要做好质量控制22216.6下一代测序技术将带来基因分型的革命性变化22516.7小结和结论226致谢226参考文献227互联网信息22917全基因组关联研究的基因集分析和网络分析230引言23017.1基因集分析和基因网络分析23217.1.1将遗传关联定位到基因23417.1.2gwas的gsa和网络分析：到更深处捕捞更小的鱼23517.1.3gsa的应用23717.1.4网络和上位分析的应用23817.1.5gwas联合和网络与eqtl分析23917.2挑战与前景240参考文献240”

封面

书名:人类复杂疾病遗传学实验指南

作者:阿尔沙拉比

页数:244

定价:¥98.0

出版社:科学出版社

出版日期:2015-06-01

ISBN:9787030446008

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