稻属植物分蘖控制基因同源区比较研究_PDF下载[72MB-百度云]张胜利

本书特色

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进行亲缘关系较近的不同植物中特定长度同源区的dna序列比较分析是深入探索同源区区段进化的重要途径。《稻属植物分蘖控制基因同源区比较研究》介绍的主要内容有植物同源区研究背景知识、稻属分蘖控制基因moc1同源区的新基因形成、多倍体中重复基因或基因组中串联复制基因的去功能化、保守非编码序列鉴定、同源区基因保守性与微重排、重复序列的类型及其对基因组结构的影响等方面。本《稻属植物分蘖控制基因同源区比较研究》介绍的内容对小麦等其他禾本科粮食植物开展重要性状基因同源区研究提供了一定参考。

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内容简介

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《稻属植物分蘖控制基因同源区比较研究》可供作物遗传育种、比较基因组学、分子生物学、生物科学等相关领域或专业的研究院所的科研人员、高校教师、本科生及研究生参考。

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目录前言上篇植物基因组同源区研究背景知识1 植物比较基因组学研究进展31.1 禾本科植物比较基因组学研究进展41.2 十字花科植物比较基因组学研究进展112 生物信息学软件在基因组测序和注释中的应用142.1 生物信息学定义142.2 基因组学研究中常用的生物信息学软件142.2.1 序列组装与质量检测152.2.2 序列注释163 基因组测序与植物分子育种203.1 基因组定义213.2 基因组测序策略213.2.1 bac by bac 法213.2.2 全基因组霰弹法213.3 关于基因组测序完成标准223.4 dna测序新方法223.4.1 454测序系统（gs系统）223.4.2 genome analyzer测序系统283.4.3 solid测序系统333.4.4 dna测序技术回顾、总结与展望393.5 基因组信息在植物分子育种中的应用424 生物倍性进化与新基因形成434.1 生物多倍体化与重新二倍体化434.2 新基因形成454.2.1 外显子重排（exon shuffling）介导的新基因形成454.2.2 基因复制（gene duplication）介导的新基因形成464.2.3 反转录转座（retrotransposon）介导的新基因形成464.2.4 可移动元件（mobile element）介导的新基因形成464.2.5 横向基因转移（lateral gene transfer）介导的新基因形成474.2.6 基因断裂/融合（gene fusion/fission）介导的新基因形成474.2.7 从头形成(de novo origination)47下篇稻属植物分蘖控制基因moc1同源区比较研究5 稻属植物分蘖控制基因moc1同源区研究选题依据535.1 水稻遗传改良上面临的主要问题535.2 解决问题的突破口535.3 稻属植物分蘖控制基因moc1同源区研究的重要性546 稻属概况及其基因组学基础556.1 稻属分类概况及栽培稻起源566.1.1 稻属分类研究进展566.1.2 栽培稻起源586.2 稻属植物基因组学基础596.2.1 稻属植物染色体组型的确定596.2.2 稻属不同染色体组型间的亲缘关系607 野生稻中的优异基因与利用627.1 野生稻中的优异基因627.2 野生稻中优异基因的利用637.2.1 抗病性637.2.2 抗虫性637.2.3 抗非生物胁迫性647.2.4 品质657.2.5 产量性状657.2.6 细胞质雄性不育基因658 稻属moc1同源区研究手段668.1 研究材料及工具668.1.1 植物材料668.1.2 载体及菌株668.1.3 分子生物学试剂668.1.4 仪器设备668.2 研究方法678.2.1 植物材料的培养678.2.2 基因组dna的提取678.2.3 质粒dna的提取688.2.4 bac dna的提取708.2.5 southern探针的制备708.2.6 bac文库southern杂交718.2.7 bac文库阳性克隆鉴定728.2.8 bac dna酶切与转膜788.2.9 bac克隆southern杂交复选788.2.10 bac测序798.2.11 bac序列组装与质量检测798.2.12 bac序列注释798.2.13 植物总rna的提取与纯化798.2.14 rt-pcr808.2.15 籼稻93-11的moc1同源区序列“缺口”（gap）填补818.2.16 引物合成与序列测定828.2.17 fgenesh对水稻基因的注释828.2.18 公共数据来源828.2.19 计算环境828.2.20 序列分析用到的生物信息学软件829 籼稻93-11的moc1同源区序列“缺口”填补849.1 “缺口”的大小、数目及补“缺口”扩增结果849.2 “缺口”估计错误的发现859.3 拼接错误的发现869.4 基因组中的难测区段899.5 注释分析909.6 本章小结9110 fgenesh对水稻基因的注释9210.1 注释结果9210.2 注释准确性评价9310.3 高支持度外显子和基因的长度统计9510.4 关于序列注释9610.4.1 基因注释9710.4.2 基因预测软件的评价9810.5 本章小结9911 野生稻中moc1同源bac的筛选与鉴定10011.1 野生稻基因组bac文库的初选10011.1.1 关于“锚定探针” 10011.1.2 野生稻基因组bac文库初选结果10011.2 对初选出的阳性bac的复选10311.3 本章小结10612 野生稻中moc1同源bac的序列测定及注释10712.1 野生稻中moc1同源bac的序列测定10712.2 野生稻中moc1同源bac的序列注释10812.2.1 基因注释10812.2.2 重复序列注释11012.3 本章小结11013 稻属moc1同源区基因保守性与重排11113.1 基因结构保守性11113.2 基因排列顺序保守性与微重排11113.3 易位-倒位引起的多基因重排11313.4 未知机制导致的基因组片段移动11313.5 关于基因组共线性和微重排的探讨11413.6 本章小结11514 基因结构验证11614.1 目标基因的确定11614.2 验证结果11714.3 关于异源多倍体中同源基因对的表达变化的探讨12214.4 本章小结12315 稻属moc1同源区中新基因的形成及保守非编码序列的鉴定12415.1 稻属moc1同源区中新基因的形成12415.1.1 新基因的从头形成12415.1.2 通过基因复制模式产生新基因12615.2 保守非编码序列的鉴定12615.3 本章小结12716 稻属moc1同源区中的重复序列12816.1 重复序列注释12816.2 重复序列的类型及其对基因组结构的影响12916.3 本章小结13417 稻属植物不同基因组类型moc1同源区间的比较研究13517.1 二倍体基因组间moc1直向同源区比较13517.1.1 二倍体aa基因组间moc1直向同源区比较与亚洲栽培稻起源13517.1.2 二倍体aa基因组与非aa间moc1直向同源区比较13617.2 二倍体基因组与四倍体基因组间 moc1同源区的比较13717.3 四倍体基因组间moc1同源区的比较13917.4 本章小结13918 稻属各基因组类型系统发育关系14018.1 稻属moc1基因系统发育分析14018.2 关于植物系统发育问题探讨14118.3 本章小结142参考文献143附表附表1151附表2154缩略词157