实用生物信息学

本书特色

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生物信息学是运用生物学、数学、计算机科学等多学科技术与手段进行生物信息的获取、贮存、分析、利用的一门交叉学科，是目前生物学研究热门领域之一。本书内容包括两个篇章：一是Windows系统下进行文献检索、数据库使用、引物设计、核酸蛋白质序列分析、进化分析、蛋白质结构分析、miRNA分析等理论与方法及相关软件使用介绍；二是linux系统下面对于基因组测序、RNAseq、miRNAseq等二代测序数据组装、基因预测、注释、表达分析等操作流程及相关软件介绍。

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内容简介

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#从易到难讲解各种工具和技术。
#紧贴科研实践、图文并茂。
#内容深浅合适、可操作性强、实用性高。

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作者简介

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冯世鹏，中科院广州生物医药与健康研究院生物化学与分子生物学专业博士毕业，海南大学农学院讲师，担任海南大学本科及研究生的《生物信息学》、《分子生物学》等课程教学任务，承担过多项重点科研或教研项目。

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目录

目 录 第0章 绪论 10.1 生物信息学的发展历史 10.1.1 Bioinfomatics的来源 10.1.2 生物信息学的定义 10.1.3 人类基因组计划 10.1.4 生物信息学发展重要人物及 大事 20.2 生物信息学的研究内容 40.2.1 生物分子数据的收集与管理 40.2.2 数据库搜索及序列比较 50.2.3 基因组序列分析 50.2.4 基因表达数据的分析与处理 50.2.5 蛋白质结构预测 60.2.6 非编码RNA研究 60.2.7 表观遗传学研究 70.3 生物信息学的生物学基础知识 70.3.1 遗传定律 70.3.2 DNA分子结构 80.3.3 基因结构 80.3.4 中心法则 90.3.5 密码子表 90.3.6 蛋白质结构与功能 90.3.7 PCR技术 9参考文献 10Windows篇第1章 文献信息检索 121.1 文献资源的分类 121.1.1 根据出版形式进行分类 121.1.2 综合分类法 131.1.3 标识码及编号 141.2 文献的格式 151.3 文献检索 171.3.1 文献检索词的来源 171.3.2 搜索数据库选择 181.3.3 检索式构建 191.3.4 检索结果的处理 211.3.5 CNKI数据库查询举例 211.3.6 Elsevier数据库检索举例 251.4 文献信息的价值判断及阅读 271.4.1 文献的价值判断 271.4.2 文献有效阅读 291.5 科技查新 29习题 31参考文献 31第2章 生物信息数据资源 322.1 核酸序列数据库 322.1.1 GenBank数据库及其分类 332.1.2 Entrz Nucleotide数据库及 其分类 342.1.3 NCBI其他数据库 342.1.4 GenBank数据格式 352.1.5 GenBank数据访问方式 352.1.6 基因数据库记录格式及搜索 382.2 蛋白质序列数据库 392.2.1 UniProt数据库介绍 392.2.2 Uniprot数据获得方式 412.2.3 UniProt数据库记录格式 422.3 蛋白质结构数据库 432.3.1 PDB数据库发展历史 432.3.2 RCSB PDB数据库介绍 442.3.3 RCSB PDB数据库搜索 452.3.4 RCSB PDB数据记录 462.4 物种基因组数据库 472.4.1 小鼠基因组数据库 472.4.2 拟南芥基因组数据库 492.5 代谢通路数据库 522.5.1 在KEGG数据库搜索 532.5.2 主页快速链接 542.5.3 KEGG通路图及其元素意义 552.6 基因组浏览器 572.6.1 基因组数据展示内容 582.6.2 BLAT搜索 612.7 非编码RNA数据库 622.7.1 miRNA数据库 622.7.2 NONCODE数据库 63习题 66参考文献 66第3章 序列比对 683.1 比对程序介绍 683.2 比对序列相似性的统计特性 693.3 在线BLAST序列比对 723.4 本地运行BLAST 753.4.1 BLAST程序的下载和安装 753.4.2 搜索数据库的索引格式化 753.4.3 运行BLAST程序，搜索本地 序列数据库 763.5 多序列比对 773.5.1 ClustalX的使用 77习题 80参考文献 80第4章 核酸序列分析 814.1 基因阅读框的识别 814.2 基因其他结构区预测 824.2.1 CpG岛的预测 824.2.2 转录终止信号预测 844.2.3 启动子区域的预测 844.2.4 密码子偏好性计算 864.3 引物设计 884.3.1 引物设计的基本原则 884.3.2 Primer 5引物设计 884.3.3 利用Primer 5进行酶切位点 分析 914.4 核酸序列的其他转换 92习题 93参考文献 93第5章 蛋白质序列分析 945.1 蛋白质理化性质和一级结构 分析 945.1.1 蛋白质理化性质分析 945.1.2 蛋白质理化性质分布图 955.1.3 蛋白质信号肽预测 975.2 蛋白质二级结构分析 995.2.1 蛋白质跨膜结构区分析 995.2.2 蛋白质卷曲螺旋分析 1015.2.3 蛋白质二级结构预测分析 1035.3 蛋白质三维结构预测分析 104习题 105参考文献 105第6章 基因表达分析 1066.1 qPCR数据分析 1066.1.1 绝对定量分析方法 1076.1.2 相对定量方法分析 1086.2 基因芯片数据分析 1116.2.1 从GEO上下载基因芯片表达 谱数据 1116.2.2 将表达谱数据导入MATLAB 软件 1126.2.3 对soft格式文件的标准化 1136.2.4 差异表达基因筛选 114习题 114参考文献 115第7章 进化分析 1167.1 进化理论介绍 1167.1.1 种群是生物进化的基本单位 1167.1.2 可遗传的变异是生物进化的 原始材料 1167.1.3 分子进化中性学说 1177.2 进化分析(以MEGA为例) 1177.2.1 序列准备 1187.2.2 序列比对 1197.2.3 建树计算 1197.2.4 进化树的调整 121习题 121参考文献 122第8章 非编码miRNA分析 1238.1 miRNA简介 1238.1.1 miRNA的生物合成 1238.1.2 miRNA调控基因表达的机理 1248.1.3 miRNA的生理调节作用 1258.2 miRNA靶基因预测 1258.2.1 miRNA靶基因的预测原理 1258.2.2 miRNA靶基因的预测软件 1268.2.3 miRNA靶基因的预测步骤 1278.3 调控靶基因的miRNA预测 1308.4 miRBase数据库的使用 1318.4.1 miRBase数据库的搜索 1318.4.2 miRBase数据库批量下载 1328.4.3 miRNA记录信息 133习题 134参考文献 134Linux篇第9章 Linux系统 1389.1 Linux简介 1389.1.1 什么是Linux系统 1389.1.2 为什么要学习Linux系统 1399.1.3 如何学习Linux系统 1409.2 Linux系统安装 1409.2.1 Linux系统下载 1409.2.2 系统安装盘制作 1429.2.3 CentOS 6.5操作系统安装 1449.2.4 更新yum源 1549.3 Linux命令行模式——终端 1559.4 Linux系统开关机 1569.5 Linux系统文件 1579.5.1 Linux文件夹及其主要作用 (以CentOS 6.5为例) 1579.5.2 Linux的文件信息的意义 1589.5.3 Linux命令帮助文件 1599.6 几个重要的快捷键 1619.7 Linux系统的命令 1619.7.1 Linux系统命令的输入格式 1619.7.2 常用命令及其常用选项介绍 1619.7.3 数据流重定向 1679.7.4 管道命令 1689.7.5 vim编辑器工具 1689.7.6 其他命令 170习题 177参考文献 177第10章 Perl语言 17810.1 Perl版本 17810.2 Perl标量数据 17910.2.1 Perl运算符 18010.2.2 标量变量 18010.2.3 数字及字符串的比较 运算符 18110.3 列表与数组 18210.3.1 数组及其赋值操作 18210.3.2 数组元素的引用 18210.3.3 数组相关的几个命令 18310.4 哈希 18310.4.1 哈希赋值 18410.4.2 哈希的相关函数 18410.5 判断式及循环控制结构 18510.5.1 if条件判断式 18510.5.2 while循环结构 18510.5.3 until循环结构 18610.5.4 foreach循环结构 18610.5.5 each控制结构 18610.6 正则表达式 18710.6.1 正则表达式相关符号 18710.6.2 捕获变量 18810.6.3 正则表达式中特殊字符 的意义 18810.7 Perl的排序 18910.7.1 sort命令 18910.7.2 sort与比较运算符及默认 函数的连用 18910.8 Perl默认的函数的总结 18910.9 程序精解 19010.9.1 实例一：从fasta文件中 寻找特定的序列 19010.9.2 实例二：文本内容分类 统计功能 19310.9.3 实例三：统计文件内容 是否有重复 19510.9.4 实例四：Scaffolds序列 的排序 196习题 196参考文献 197第11章 测序方法及数据处理 19811.1 测序技术的发展 19811.1.1 **代测序方法 19811.1.2 二代测序方法 20111.1.3 测序文库插入片段大小 选择 20511.1.4 测序类型 20511.1.5 测序方法的搭配 20611.1.6 测序质量值 20611.2 测序数据处理 20711.3 测序数据质量分析 20811.3.1 用FastQC软件对测序数据 进行评估 20811.3.2 NGSQCToolKit对测序 Reads的处理 21311.3.3 FASTX_Toolkit对测序 Reads的处理 21611.4 深度测序数据上传SRA 数据库 21811.4.1 材料准备 22011.4.2 注册项目信息 22111.4.3 提供技术信息 22411.4.4 上传数据 22711.4.5 数据传输完毕状态 230习题 231参考文献 231第12章 基因组组装 23212.1 Velvet拼装软件 23312.1.1 Velvet软件安装 23412.1.2 Velvet参数介绍 23412.1.3 Velvet命令运行 23712.1.4 Velvet运行结果解读 23712.2 SOAPdenovo软件拼装 23812.2.1 软件的安装 23912.2.2 参数介绍 23912.2.3 SOAPdenovo命令运行 24112.2.4 SOAPdenovo运行结果 解读 24212.3 ABySS软件拼装 24212.3.1 ABySS的安装 24212.3.2 ABySS主要参数介绍 24312.3.3 ABySS命令运行 24512.3.4 ABySS运行命令结果解读 24512.4 ALLPATH-LG软件拼装 24512.4.1 ALLPATH-LG的安装 24612.4.2 ALLPATH-LG的主要参数 24612.4.3 ALLPATH-LG测试数据 运行过程解读 24912.4.4 运行结果解读 25212.5 Gaps修补 25212.5.1 GapFiller软件安装 25212.5.2 相关参数介绍 25312.5.3 程序运行命令 25412.5.4 运行结果解读 25412.6 基因组组装效果评估 254习题 254参考文献 255第13章 小RNA测序数据分析 25613.1 小RNA测序简介 25613.2 小RNA测序数据质控 25713.3 miRNA的识别 259习题 263参考文献 263第14章 RNA-seq数据分析 26414.1

封面

书名:实用生物信息学

作者:冯世鹏

页数:330

定价:¥69.0

出版社:电子工业出版社

出版日期:2017-08-01

ISBN:9787121302244

PDF电子书大小:137MB 高清扫描完整版