骆驼基因组学研究

本书特色

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阿拉善双峰驼基因组学研究一书重点介绍了阿拉善双峰驼饲养特点，从阿拉善双峰驼基因组和宏基因组不同的研究方法角度，分析阿拉善双峰驼*基因组和第二基因组的特点，为实现阿拉善双峰驼遗传资源的开发提供理论指导。

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内容简介

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SUMMARY

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作者简介

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吴慧光，男，1980年生，博士，现美国俄亥俄州立大学博士后，主要从事阿拉善双峰驼基因组学研究。主持国家级项目1项，省级项目2项，校级项目2项，参加项目多项。发表论文多篇，其中第一作者发表《NatureCommunication》1篇。获得市级奖励2项，校级奖励2项。

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目录

第1章引言 1��1研究背景和意义 1��2国内外研究进展 1��2��1骆驼科动物的进化 1��2��2现存骆驼科动物的生物学特性 1��2��3生物信息学及其发展历史 1��2��4基因组测序技术 1��3研究内容 第2章骆驼科动物全基因组序列的测序与组装 2��1材料与方法 2��1��1试验材料 2��1��2DNA提取及检测 2��1��3基因组测序 2��1��4测序数据过滤 2��1��5K-mer分析估计基因组大小 2��1��6小片段数据纠错 2��1��7骆驼科动物基因组的组装 2��1��8骆驼科动物基因组的测序效果评价 2��2 结果与分析 2��2��1DNA样品检测结果 2��2��2基因组测序结果 2��2��3测序数据过滤结果 2��2��4K-mer分析估计基因组大小的结果 2��2��5小片段数据纠错的结果 2��2��63个骆驼科动物基因组的组装结果 2��2��73个骆驼科动物基因组的组装后基因组分析 2��3讨论 2��3��1测序物种的选择 2��3��2测序平台与策略 2��3��3基因组大小的估计 2��3��4基因组的组装指标 2��4本章小结 第3章骆驼科动物的基因组注释 3��1材料与方法 3��1��1试验材料 3��1��2重复序列注释 3��1��3基因预测 3��1��4功能注释 3��1��5ncRNA注释 3��1��6基因集评估 3��1��7直系同源关系分析 3��2结果与分析 3��2��1重复序列注释统计结果 3��2��2基因预测统计结果 3��2��3功能注释统计结果 3��2��4ncRNA注释统计结果 3��2��5基因集评估统计结果 3��2��6直系同源关系分析结果 3��3讨论 3��3��1骆驼科动物基因组重复序列的注释 3��3��2骆驼科动物基因组基因结构的预测 3��3��3骆驼科动物基因组基因功能和非编码RNA的注释 3��4本章小结 第4章骆驼科动物基因组进化分析 4��1材料与方法 4��1��1试验材料 4��1��2共线性鉴定 4��1��3片段复制分析 4��1��4基因家族聚类分析 4��1��5物种进化树的构建 4��1��6物种分歧时间的计算 4��1��7分支特异性Ka/Ks率计算 4��1��8SNP判读和分布比较分析 4��1��9群体历史重建 4��2结果与分析 4��2��1共线性鉴定结果 4��2��2片段复制分析结果 4��2��3基因家族聚类分析结果 4��2��4物种进化树的构建结果 4��2��5物种分歧时间的计算结果 4��2��6分支特异性Ka/Ks率计算结果 4��2��7SNP判读和分布比较分析结果 4��2��8群体历史重建结果 4��3讨论 4��3��1骆驼科动物基因组的共线性与片段复制 4��3��2骆驼科动物进化关系和分歧时间推算 4��3��3骆驼科动物的选择压力 4��3��4骆驼科动物的群体历史规模的变化 4��4本章小结 第5章骆驼沙漠适应性的比较基因组学分析 5��1材料与方法 5��1��1试验材料 5��1��2基因家族收缩扩张分析 5��1��3正选择分析 5��1��4包含特异氨基酸变异的蛋白筛查 5��1��5基因获得和缺失 5��1��6快速进化 5��2结果与分析 5��2��1基因家族收缩扩张分析结果 5��2��2正选择分析结果 5��2��3包含特异氨基酸变异的蛋白筛查结果 5��2��4基因获得和缺失结果 5��2��5快速进化基因结果 5��3讨论 5��3��1骆驼能量代谢 5��3��2骆驼应激能力 5��3��3骆驼对沙尘和日照的适应性 5��3��4骆驼对缺水的适应性 5��4本章小结 第6章双峰驼肾脏的转录组分析 6��1材料与方法 6��1��1试验材料及试验处理 6��1��2RNA提取及检测 6��1��3RNA样品处理与测序 6��1��4转录组数据过滤 6��1��5基因表达水平计算 6��1��6差异表达基因筛选 6��1��7差异表达基因的GO功能显著性富集分析 6��1��8差异表达基因的通路显著性富集分析 6��2结果与分析 6��2��1RNA提取检测结果 6��2��2转录组测序的碱基组成和碱基质量分析结果 6��2��3双峰驼肾脏转录组基本分析结果 6��2��4双峰驼肾脏转录组基因表达注释结果 6��2��5双峰驼肾脏转录组基因差异表达分析结果 6��2��6双峰驼肾脏转录组差异表达基因的GO分析结果 6��2��7双峰驼肾脏转录组差异表达基因的通路富集分析结果 6��3讨论 6��3��1骆驼肾脏钠重吸收相关基因的转录特点 6��3��2骆驼肾脏水孔蛋白基因家族转录特点 6��3��3骆驼肾脏的高渗调节特点 6��3��4骆驼肾髓质有机适应性渗透物的调节 6��3��5骆驼肾髓质的渗透调节与血糖 6��3��6骆驼肾髓质的渗透保护 6��4本章小结 第7章全书总结 7��1全书结论 7��2研究创新点 7��3有待进一步研究的内容 7��3��1基因组组装版本的更新 7��3��2基因组注释工作的完善 7��3��3骆驼科动物进化基因的研究 7��3��4骆驼肾脏生理的分子和细胞学研究 缩略词表 附录 参考文献

封面

书名:骆驼基因组学研究

作者:吴慧光

页数:176

定价:¥48.0

出版社:中国农业科学技术出版社

出版日期:2016-12-01

ISBN:9787511636416

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